La organización fue fundada en 1975 por un grupo de docentes y productores agrícolas campesinos, inicialmente como Cooperativa de Ahorros y Créditos con el objetivo de facilitar a sus miembros el acceso al crédito y crear un sistema de apoyo mutuo, a través de la creación de proyectos que beneficiaran a la comunidad. Con el transcurso del tiempo la Cooperativa amplió sus actividades hacia la producción y comercialización de miel de caña de azúcar. Recibió la certificación de comercio justo en el año 1999.

Gracias al Comercio Justo, Manduvirá no sólo consiguió su propia certificación ecológica, alquiló una fábrica y produjo su propio azúcar, sino que también estableció cooperaciones a largo plazo con clientes internacionales, conquistando mercados por su distinguida calidad social y medioambiental.

Cada año, los socios productores se reúnen para la Asamblea General de Comercio Justo, donde se toma la decisión de cómo invertir la prima con un máximo de beneficios comunes. Tradicionalmente, el 50% de la suma total se distribuye entre los productores, preferente como inversión en el mejoramiento de su producción y sus viviendas y en la educación de sus hijos. La otra mitad sirve para financiar varios proyectos en las áreas de educación, salud o agricultura ecológica de toda la comunidad.